雅典大学现有5个学院22个系，还有7个独立的系科。由院长负责全院的工作，下设系主任及专业主任。每个学院设有学院代表大会、院长理事会、院长。系管理机构有代表大会、管理理事会、系主任。专业的管理机构则是代表大会、专业主任。各 院系隶属关系如下：

神学院：神学系、牧师神学系。

法律、经济、政治学院：法律系、经济学系、政治公共管理系。

卫生学院：医学系(附设大学医院)、牙科学系、药学系、护理学系。

艺术学院：希腊语言文学系、历史与考古学系、哲学、教育与心理学系、英国语言文学系、法国语言文学系、外国文化系。

独立的系有：体育与体育教育系、小学教育系、学前教育系、家政系、戏剧研究系、大众传播系、音乐系。

有些系开设研究生课程，可授予博士学位。